Windows用の定番FTPソフト「FFFTP」が、GumblarウイルスによってFTPアカウントのパスワードが抜き取られ、サイトが改ざんされるケースが発生したことを受けて、FFFTPの公式サイトSota’s Web Pageでは、FFFTPのアンインストールと設定情報の削除、SSLに対応したFTPソフトへの乗り換えを推奨するといった旨のアナウンスがされています。
インストーラーを使ってインストールしていた場合は、コントロールパネルから削除。インストーラーを使っていない場合は、FFFTPの「接続」メニューから「設定」→「全設定の消去」。.iniファイルを使っていた場合は、.iniファイルの消去。
（詳しくはSota’s Web Page (GumblarによるFFFTPへの攻撃について)を参照。）
さて、FFFTPからの乗り換え先ですが、SSLに対応していて、アップデートも頻繁に行われていて、使いやすくてフリーソフトのFTPクライアントソフトということで、真っ先に思い浮かぶのはFileZillaかWinSCPの2つです。
ただ、FileZillaは少々ごちゃごちゃしているので、好みが分かれるところ。FFFTPのようにシンプルなUIが良いのであれば、WinSCPがオススメです。